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一、药物理化性质与药物活性
（一）药物的溶解度、分配系数和渗透性对药效的影响
药物的吸收、分布、排泄过程是在水相和脂相间经多次分配实现的，因此要求药物既具有脂溶性又有水溶性。生物药剂学分类系统根据药物溶解性和肠壁渗透性的不同组合将药物分为四类：
分类水溶解性——水溶性；渗透性——脂溶性；哪个因素低它就是限速的因素，体内吸收就取决于该因素。
药物的酸碱性、解离度和pKa对药效的影响
酸酸碱碱促吸收，酸碱碱酸促排泄
弱酸性药物二、药物结构与药物活性
（一）药物结构与官能团
1、药物的主要结构骨架与药效团
药物=母核+药效团（一类药物母核可能不同，但是均含有相同的药效团或者在体内代谢后能生成药效团）例如他汀类药物。
2、药物的典型官能团对生物活性的影响
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（二）药物化学结构与生物活性
1、药物化学结构对药物转运、转运体的影响
许多组织的生物膜存在特殊的转运蛋白，系统介导药物跨膜转运，称为转运体。许多药物已被证明是转运体的底物或抑制剂。可通过结构修饰增加转运体对药物的转运，从而增加药物的吸收。
例：阿昔洛韦+L-缬氨酸——伐昔洛韦（小肠上皮细胞转运体PEPT1底物），增加其吸收——进入体内后水解为三磷酸阿昔洛韦发挥药效。
2、药物化学结构对药物不良反应的影响
（1）对细胞色素P450的作用
细胞色素P450是主要的药物代谢酶，有很多亚型，但CYP3A4最多，约占总量的50%.
（2）对心脏快速延迟整流钾离子通道（hERG）的影响
许多药理作用各异、化学结构多样的药物对hERGK+通道具有抑制作用，可进一步引起Q-T间期延长，诱发尖端扭转型室性心动过速，产生心脏不良反应。最常见的主要为心脏用药物，如抗心律失常药、抗心绞痛药和强心药。
3、药物与作用靶标结合的化学本质：药物+生物大分子
药物与生物大分子的结合形式：
键合类型三、药物化学结构与药物代谢
药物代谢分为两相：第I相生物转化，也称为药物的官能团化反应，是体内的酶对药物分子进行的氧化、还原、水解、羟基化等反应，在药物分子中引入或使药物分子暴露出极性基团。第Ⅱ相生物结合，是将第I相中药物产生的极性基团与体内的内源性成分如葡萄糖醛酸、硫酸、甘氨酸或谷胱甘肽，经共价键结合。
（一）药物结构与第I相生物转化的规律
类型举例对映异构体之间具有等同的药理活性和强度普鲁帕酮、氟卡尼药理活性一样但是强弱不同氯苯那敏、萘普生一个有活性，一个没有甲基多巴（L）、氨己烯酸（S）产生相反的活性哌西那朵、考必利、依托唑啉产生不同的药理活性丙氧酚、奎宁一个有活性，一个有毒性氯胺酮、丙胺卡因（二）药物结构与第Ⅱ相生物转化的规律
极性增加，亲水性增加：
1、与葡萄糖醛酸的结合反应
2、与硫酸的结合反应
3、与氨基酸的结合反应
4、与谷胱甘肽的结合反应
极性降低，亲水性降低：
1、乙酰化结合反应
2、甲基化结合反应
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