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1999年9月成立由国家环境保护总局、农业部、卫生部、原国家经贸委、原国家发展计划委员会等相关部门参加的跨部门POPs技术协调和谈判小组，研讨公约谈判政策，参加公约谈判，包括政府间谈判委员会第一次到第七次会议（INC1－INC7）。
2000年2月国家环境保护总局发布《危险废物焚烧污染控制标准》（GWKB2－1999）和《生活垃圾焚烧污染控制标准》（GWKB3－2000），其中首次规定了二恶英污染控制指标。
2000年12月国家环保总局外经办成立POPs工作组，开始组织准备与公约准备有关的能力加强项目。
2001年3月国家环保总局与世界银行在北京联合组织“持久性有机污染物国际研讨会”，国内相关部门、大专院所和国际多边、双边组织参加研讨会。
2001年5月21～23日，《关于持久性有机污染物（POPs）的斯德哥尔摩公约》外交全权代表大会在瑞典斯德哥尔摩市举行，国家环保总局副局长祝光耀率中国代表团出席会议，受国务院委托代表中国政府签署了公约，我国是公约首批签字国。
2001年7月12日，中国政府和意大利政府签署中国削减和淘汰杀虫剂类POPs战略和规划项目，项目的总体目标是制订中国杀虫剂POPs的削减和淘汰战略。该项目是公约前期准备的第一个国际合作项目。
2001年10月19日，国家环保总局发布《多氯代二苯并二恶英和多氯代二苯并呋喃的测定同位素稀释高分辨毛细管气相色谱／高分辨质谱法》（HJ／T77－2001）行业标准，自2002年1月1日起实施。
2001年12月20日，全球环境基金（GEF）批准国家环保总局申请的中国履行斯德哥尔摩公约国家能力建设和国家实施方案编制前期准备项目（PDF－B），GEF资助项目准备资金为349500美元。
2002年4月中国履行斯德哥尔摩公约国家能力建设和国家实施方案编制前期准备项目（PDF－B）正式启动，项目执行期为13个月，于2003年5月结束。
2002年8～9月在加拿大政府支持下，国家环保总局同世界银行合作组织POPs系列国际研讨会，会后形成“我国履行《持久性有机污染物（POPs）斯德哥尔摩公约》面临的问题和挑战”报告，通过国家环保总局办公厅报送国务院。
2002年10月时任国家副总理的温家宝同志对上述报告作出重要批示：“这件事不仅关系到履约，更重要的是为了保护环境和人民的健康”，要求环保总局：“主动联系有关部门……要早谋对策。
2003年4月15日，国家环保总局《关于持久性有机污染物（POPs）的斯德哥尔摩公约》（斯德哥尔摩公约）履约领导小组第一次会议召开，汪纪戎副局长主持会议并宣布国家环保总局POPs履约筹备办成立。
2003年4月3日，国家环保总局发布《销毁日本遗弃在华化学武器废气中二恶英类的测定同位素稀释高分辨毛细管气相色谱／高分辨质谱法》（HJ／T124－2003）行业标准，自2003年5月1日起实施。
2003年5月16日，全球环境基金（GEF）第21次理事会正式批准了中国履行斯德哥尔摩公约国家能力建设和国家实施方案编制项目。这是GEF批准的第一个POPs国家实施方案编制全额项目。
2003年5月23日，为了纪念公约签署两周年，国家环保总局局长解振华在中国环境报发表署名文章《为了保护人类健康和生态环境》。
2003年8月世界银行和中国政府正式签署中意合作中国PCBs削减和处置项目实施协议。协议金额为150万欧元。
2003年9月23日，国家环保总局副局长汪纪戎主持召开了中国POPs履约国家实施方案编制领导小组第一次会议。领导小组的成员单位国家发改委、外交部、财政部、商务部、科技部、农业部、卫生部、建设部、国家环保总局、海关总署、电监会主管司级和处级领导参加会议。会上同时宣布成立由各部门处级人员组成的联络员小组。
2003年9月世界银行和中国政府关于中加合作氯丹和灭蚁灵替代案例研究、健康影响评估和PCBs管理能力加强项目的实施协议正式签署，协议金额为80万美元。
2003年9月29～30日，NIP编制领导小组第一次联络员会议召开，讨论了公约国际谈判形势、履约筹备前期工作进展、NIP总体实施计划和公约的临时资金机制，提出了近期履约工作特别是NIP编制过程中的一些关注点。
2003年10月14日，中意双方正式签署了关于副产品减排可行技术和环境实践（BAT／BEP）示范活动，共计100万欧元的赠款协议。
2003年11月18～22日，全球环境基金（GEF）第22次理事会正式批准了中国政府提交的两个POPs领域的示范项目———多氯联苯管理处置示范项目和氯丹灭蚁灵替代投资示范的前期准备项目。
2003年12月19日，国务院批复《全国危险废物和医疗废物处置设施建设规划》，根据规划，将在全国分区配套建设七个二恶英监测中心。
2003年12月26日，国家环境保护总局发布《医疗废物集中处置技术规范（试行）》，专门规定了控制二恶英排放的技术措施和控制要求。
2004年3月25日，国家环保总局发文正式确认POPs履约筹备办公室为国家环保总局POPs履约办公室。
2004年5月17日，《关于持久性有机污染物的斯德哥尔摩公约》正式生效，国家环保总局副局长祝光耀发表题为“削减持久性有机污染物，造福人类，造福民族”的署名文章。
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